Le Kenya, de même que l’Ouganda, ne tombe sous le giron britannique qu’au sortir de la conférence de Berlin en 1885, réglant les différends opposant les puissances coloniales en Afrique. En 1887, l’homme d’affaire William Mackinnon fonde l’Association Britannique d’Afrique de l’Est, une entreprise privée établie dans le but de faire du commerce au Kenya. Grâce à la protection royale, elle devient l’année suivante la Compagnie Britannique Impériale d’Afrique de l’Est. Lorsque Mackinnon tente de contrôler le commerce sur le Lac Victoria en essayant d’assujettir le Roi Mwanga II du Buganda, des conflits sanglants éclatent. Ils ne seront résolus qu’en 1890 avec l’intervention du colonel Frederick Dealtry Lugard, vétéran d’Inde, qui force le Mwanga II à signer un traité de protection. Malgré cela, les trois premières années, le monarque africain semble peu enclin à coopérer ce qui se conclura par une bataille permettant de fixer une fois pour toutes les lignes d’autorités, le roi devenant dès lors un souverain fantoche plaçant ainsi les tribus ougandaises sous le contrôle britannique.  A la même époque la Compagnie Britannique Impériale d’Afrique de l’Est fait banqueroute. Ses membres tentent de soutirer des fonds à la Couronne, menaçant de se retirer d’Afrique. Le chantage se retourne contre ses auteurs lorsque le gouvernement britannique prend le contrôle de la compagnie, puis divise l’Afrique orientale en deux protectorats: l’Ouganda et le Kenya.

La construction du chemin de fer ougandais, longtemps reportée, commence en 1896. Surnommé le « Lunatic Express », il doit parcourir plus de 1 000 km en territoire hostile, grimper à plus de 1000m  d’altitude et franchir 160 km de marécages insalubres, avec des traverses en acier pour résister aux termites. 32 000 ouvriers furent dépêchés, principalement des Indiens. Beaucoup mourront de la malaria, de la dysenterie, du choléra, voire même emportés par les lions des plaines de Tsavo. de plus, les tribus africaines s’opposent à la construction, comme les Nandis ou les Kikuyus, ce qui leur vaudra une répression brutale de la part des Britanniques. En 1899, le chemin de fer atteint un point d’eau dans les hautes plaines, qui deviendra la Gare Principale. C’est ainsi que nait Nairobi. Il faudra encore deux années harassantes pour que la ligne atteigne son objectif final, le lac Victoria où sera fondée Kisumu.

Avec le chemin de fer arrivent les colons, qui faute de ressources minières, se tournent vers l’agriculture. Bon nombre viennent de Grande-Bretagne, mais également d’Australie, de  Nouvelle-Zélande, d’Afrique du Sud ou encore du Canada. On compte parmi eux beaucoup de fils de l’aristocratie anglaise venus en Afrique pour chasser le gros gibier. L’un des plus célèbres est sans conteste Hugh Cholmondley, plus connu sous le nom de Lord Delamere, puisqu’il deviendra Gouverneur du Kenya après la Guerre, après avoir été officieusement le dirigeant de la colonie jusqu’à ce que soit établi le Conseil Législatif d’Afrique de l’Est en 1907. Sous son impulsion, le Kenya devient une colonie auto-gouvernée. Avec la croissance de Nairobi et l’afflux de colons,  les conflits sont nombreux avec les Kikuyus ou les Masaïs, et se règlent tantôt à coup de fusils, tantôt à coup de traités.

Nairobi est dès le début conçue comme une ville divisée suivant une structure sociale et une discrimination de longue date fondée sur la couleur de peau.  Les Européens disposent des positions clés dans l’administration coloniale, l’économie et ‘l’industrie et s’enrichissent naturellement aux dépends des Africains, main d’oeuvre bon marché écrasée de taxes. Quant aux ouvriers Indiens arrivés lors de la construction du chemin de fer, ils constituent rapidement une classe moyenne, créant leurs propres affaires dans leur partie de la ville. Les Kikuyus sont les premiers à se rebeller mais leur révolte est vite matée par les King’s African Rifles (KAR) menés par l’officier anglais Richard Meinertzhagen, qui fit massacrer des centaines de Kikuyus et autres tribus récalcitrantes. C’est l’ère des grands chasseurs blancs, venus des quatre coins du monde pour pouvoir chasser et réduire en trophées un lion ou un éléphant, un sport ne nécessitant guère de compétences pour peu que l’on sache s’entourer de guides compétents et que l’on y mette les moyens. Face au carnage, les premiers balbutiements d’une gestion de l’environnement se font jour, avec la fondation des premières réserves d’animaux.

En 1914, la Guerre éclate et le Kenya se retrouve subitement ennemi de son voisin allemand. La plupart des hommes européens vont prêter main forte aux KAR contre l’armée allemande certes moins nombreuse mais dirigée par le brillant tacticien Paul von Lettow-Vorbeck, qui infligera de nombreuses défaites au cours des deux années suivantes avant de finir par ployer face à l’avantage numérique britannique. En 1916, l’Afrique de l’Est allemande passe sous le contrôle britannique, situation pérennisée par le Traité de Versailles, qui change le nom de la colonie allemande pour adopter celui de Tanganyika. Bien entendu, les africains ne sont pas consultés. pourtant ils sont nombreux à avoir donné leur vie durant la Grande Guerre, sous les tirs de mitrailleuses sur les champs de bataille de la lointaine Europe. Cela changera leur vision des choses et leur ouvrira les yeux sur la fragilité et l’égoïsme de leurs maitres, contribuant à faire naître une véritable nationalisme africain. Ce sentiment croit tout d’abord au sein de la communauté Kikuyu, qui revendique de meilleurs conditions de vie et un traitement légal plus juste. 1921 voit l’émergence du premier leader nationaliste africain, Harry Thuku, avec sa Young Kikuyu’s Association et dans son sillage, la formation d’organisations politiques nationalistes dont l’Association Centrale Kikuyu. La police coloniale réagira en arrêtant Thuku, déclenchant des émeutes sanglantes devant le Norfolk Hotel se soldant par de nombreux morts du côté africain.